关于单细胞转录组转录因子的分析我们之前在单细胞系列讲过R语言版本的，参考：跟着Cell学单细胞转录组分析(十二):转录组因子分析，但是R语言分析起来速度非常慢，如果你动辄上万的单细胞可能要运行好几周，这显然不现实。pySCENIC则很好的解决了这个问题，分析速度很快。官方教程参考：https://pyscenic.readthedocs.io/en/latest/一、软件安装老样子，还是先说一下安装和分析文件的准备，前面环境的配置和之前cellphonedb一样，如果已经操作过的，可以跳过：#安装下载及环境设置#安装一个conda，为什么安装他可以理解为Rstuido之于R,后期在环境设置、软
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六一到了，遥想自己上小学，还是课间操的队长，我在的地方是长治市壶关县北大安村，六一就回去店上镇参加体操比赛，人生如梦，转眼马上就要进入而立之年，小时候的梦想实现了么？这么多年，有没有让自己觉得难忘的事情？今天我们来分享一个通讯分析的内容，当然，方法都在不断的更新升级，考虑的也更加全面，参考文章在MEBOCOST:MetabolicCell-CellCommunicationModelingbySingleCellTranscriptome。细胞之间的通讯或细胞间通讯是人体组织中细胞功能的一个组成部分。它是维持细胞、器官和完整系统的功能和止血的关键过程。异常的细胞间通讯是许多健康状况的关键因素，
六一到了，遥想自己上小学，还是课间操的队长，我在的地方是长治市壶关县北大安村，六一就回去店上镇参加体操比赛，人生如梦，转眼马上就要进入而立之年，小时候的梦想实现了么？这么多年，有没有让自己觉得难忘的事情？今天我们来分享一个通讯分析的内容，当然，方法都在不断的更新升级，考虑的也更加全面，参考文章在MEBOCOST:MetabolicCell-CellCommunicationModelingbySingleCellTranscriptome。细胞之间的通讯或细胞间通讯是人体组织中细胞功能的一个组成部分。它是维持细胞、器官和完整系统的功能和止血的关键过程。异常的细胞间通讯是许多健康状况的关键因素，
⚠️不想充值付费的小伙伴可以点赞，会随机挑选幸运观众赠送全文。NGS分析手把手教学系列继WGS全基因组分析以后终于更新啦。这次是RNA-seq转录组分析。本文主要是指导操作流程，不会浪费篇幅在解释RNA-seq原理上。本章会使用人类基因组，比较组间的差异基因。其他物种的数据同样适用。所有代码都亲测可用(2022年9月），由于一些老旧版本的工具以及网络协议已经没法使用，所以也会有最新版本工具安装教学内容。除了需要修改路径和文件名，读者基本只需要复制黏贴就可以复现所有操作。这次主要介绍的管道工具是运用在很多生信服务器上的国际标准STAR，以及另外一款很常用并且配置不高的笔记本也能快速运行的kall
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一、下载数据GSE111229：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE111229只下载7个SRR进行学习；数据下载的话可以参考前面写的一篇笔记：RNA-seq入门（一）数据下载和格式转换1.png二、安装conda参考前面的笔记：conda下载及安装安装软件：condainstall-ysra-toolsmultiqcfastphisat2三、SRA转fastq文件ls*|whilereadid;do(nohupfastq-dump--gzip--split-3-O./${id}&);done四、质控ls*gz|xargs
一、下载数据GSE111229：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE111229只下载7个SRR进行学习；数据下载的话可以参考前面写的一篇笔记：RNA-seq入门（一）数据下载和格式转换1.png二、安装conda参考前面的笔记：conda下载及安装安装软件：condainstall-ysra-toolsmultiqcfastphisat2三、SRA转fastq文件ls*|whilereadid;do(nohupfastq-dump--gzip--split-3-O./${id}&);done四、质控ls*gz|xargs
今天写一篇关于单细胞转录因子的分析-scenic在做分析之前你应该看一下这篇文献，看看别人做了什么scenic分析《Single-cellRNAsequencinghighlightstheroleofinflammatorycancer-associatedfibroblastsinbladderurothelialcarcinoma》分析原理对于这个包我想发表一下感想，这个包刚开始对于我来说比较难理解，其实跟着官方教程running无非就是debug而已，这没啥，重要的是这个分析做了些啥，最后得到啥，我能讲啥，这是最难的，反正我是不敢做那些我自己都不了解过程的分析，所以首先我们要了解这个包
今天写一篇关于单细胞转录因子的分析-scenic在做分析之前你应该看一下这篇文献，看看别人做了什么scenic分析《Single-cellRNAsequencinghighlightstheroleofinflammatorycancer-associatedfibroblastsinbladderurothelialcarcinoma》分析原理对于这个包我想发表一下感想，这个包刚开始对于我来说比较难理解，其实跟着官方教程running无非就是debug而已，这没啥，重要的是这个分析做了些啥，最后得到啥，我能讲啥，这是最难的，反正我是不敢做那些我自己都不了解过程的分析，所以首先我们要了解这个包
