下载方法：
1.百度搜索miniconda,点击进入
uname -a
cd ~/biosoftwgett https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py39_4.9.2-Linux-x86_64.sh
利用bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
PS:bash [-nvx] scripts.sh
选项与参数:
-n: 不要执行 script,仅查询语法的问题;
-v: 再执行 sccript 前,先将 scripts 的内容输出到屏幕上;
-x: 将使用到的 script 内容显示到屏幕上,这是很有用的参数!
例子：想要执行bash脚本，并查看bash的调用流程，可以通过以下命令：
bash -x test.sh
source ~/.bashrc来激活conda
命令行输入conda，出现满屏的信息说明成功了
如果报错，说明你可能没有进行上一步的source ~/.bashrc命令。
find / -name .bashrcsource ~/.bashrc
所谓镜像网站，相当于主网站的副本，conda在国外，我们在国内下载软件速度会很慢，因此配置镜像，从镜像网站下载，可以加快下载速度。
# 使用中科大的镜像
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --set show_channel_urls yes的意思是从channel中安装包时显示channel的url，这样就可以知道包的安装来源了。conda list
conda install fastqc -y[-y是yes，安装过程中conda问你的问题全部回答yes]
默认安装最新版本，但是有的软件新版本bug比较多，可能需要用到老版本
如果要指定版本号，可以conda install fastqc=0.11.7 -y
image.png
PS:上图为已安装过图示
image.png
3.确认fastqc软件是否安装成功
输入fastqc -help，如果出现一大片文字，这是软件的帮助文档
conda remove fastqc -y
conda环境的意义
生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，按照项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”
1.查看当前conda环境
conda info --envs (前面带*的就是默认的)
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
conda activate rna-seq
(rna-seq)fastqc试试，如果出现下面的一大片信息就说明可以使用了（了解一下：其实这些是帮助信息，你只输入了一个软件名称，没有给他跟上操作对象，所以他不会执行命令)
conda deactivate
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