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WSL2+Docker+Galaxy qiime2玩转16S分析

zd200572 2023-03-28 原文

之前分享过一个qiime2 studio图形界面的笔记(QIIME2图形界面版（Q2STUDIO）），是qiime2团队自己造的轮子，不过最近qiime2团队好像转向了利用galaxy轮子QIIME 2 2021.4发布（qiime2支持galaxy啦），还把官方的宣传视频转载到过公众号，不过之前没有加字幕，看起来还是有点困难的。

今天，分享一下如何使用我们每天用的windows电脑搭建一个qiime2 galaxy的环境，愉快地进行16S的数据分析。什么，你用Mac，那更简单啦，安装个docker客户端，直接走起啦！

安装WSL2

注意，一定要是WSL2，因为版本1是不支持Docker的。Windows Docker行不行呀？可以的，前提你得是旗舰版的操作系统，相信我们多数同学的电脑是家庭版的啦。P.S.如果你之前装了旧版本的WSL又不想删除，没关系的，两个版本可以共存的，好啦，开始吧！
有哥们已经写好了安装的教程，这里我直接转载下吧！win10下同时使用wsl1 和wsl2 子系统，提升开发效率 (icode9.com)


打开Ubuntu 18.04.5 on Windows，恭喜，完成了第一步！

红框所示，完成这一系列操作，你就得到一个标准的WSL2啦！我装的是Ubuntu 18.05，稳定的不能再稳定的版本。

 lsb_release -a
No LSB modules are available.
Distributor ID: Ubuntu
Description:    Ubuntu 18.04.5 LTS
Release:        18.04
Codename:       bionic

或许会遇到默认软件源在国外，下载安装软件速度慢的问题，换镜像可破。

sudo cp /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources.list.bcakup
sudo vim /etc/apt/sources.list
# 键盘输入以下，删除原有内容
d99d
# 要粘贴的内容如下
deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-security main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-updates main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-proposed main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-backports main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-security main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-updates main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-proposed main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.aliyun.com/ubuntu/ bionic-backports main restricted universe multiverse
# 按ESC键退出编辑模式，键盘输入以下就可以保存啦！
:wq

安装Docker

不考虑docker版本新不新，能用就好的话，一条命令就解决啦！当然你也可以安装使用 WSL2 中的 Docker 守护进程的桌面管理程序，见这：WSL2 + Docker + xfce4安装及使用_笔上烽烟的博客-CSDN博客_docker wsl2

# 安装Docker
sudo apt update 
curl https://get.docker.com | sh
docker -v
Docker version 20.10.7, build 20.10.7-0ubuntu5~18.04.3
 sudo service docker start

安装q2 galaxy

sudo docker pull quay.io/qiime2/q2galaxy
# 运行
docker run -d -p 8080:80 -p 8021:21 -p 8022:22 -v $HOME/q2galaxy_data/:/export/ quay.io/qiime2/q2galaxy

初次运行，应该是有一个初始化的过程，等上几分钟，看进程运行起来，CPU占用率有所上升，就可以打开浏览器http://localhost:8080愉快地使用啦！


不像之前印象中的galaxy（界面像十几年前的），现在的版本视觉元素有了一些现代化的感觉呢，一些公司的云平台也是基于galaxy的吧！
文件都存储在你的linux子系统家目录下的q2galaxy_data，如果没有这个文件夹会自动创建的。

空间占用还是不小的，如果你的C盘不大，还是要注意些的，当然现在许多电脑已经不分盘啦，直接512G的C盘。

开始学习起来吧！

DockerGalaxysectionhttpsmultiverse

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