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单细胞转录组上游分析实战

生信开荒牛 2023-03-28 原文

一、下载数据

GSE111229 ：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE111229

只下载7个SRR进行学习；

数据下载的话可以参考前面写的一篇笔记：

RNA-seq入门（一）数据下载和格式转换

1.png

二、安装conda

参考前面的笔记：

conda下载及安装

安装软件：

conda install -y sra-tools multiqc fastp hisat2

三、SRA转fastq文件

ls * |while read id; do (nohup fastq-dump --gzip --split-3 -O ./ ${id} &); done

四、质控

ls *gz |xargs fastqc

五、过滤

  1. 新建几个文件夹
mkdir 01clean 02mapping 03count
  1. 批量fastp
ls *.fastq.gz | while read id; do (nohup fastp -i ${id} -o ../01clean/$(basename ${id} ".gz").clean);done
2.png

六、比对

下载参考基因组

hisat2官网有建好索引的基因组下载：

http://daehwankimlab.github.io/hisat2/download/#m-musculus

3.png

批量比对

cd 02mapping/
ls ../01clean/*clean |while read id;do (nohup hisat2 -p 2 -x /mnt/e/bioinfo/mmreference/mm10/genome -U $id -S ${id%%.*}.hisat.sam &);done

%%.* 语法参考：

https://blog.csdn.net/qq_30130417/article/details/80911989

file=/dir1/dir2/dir3/my.file.txt

{file#*/}: 删掉第一个 / 及其左边的字符串：dir1/dir2/dir3/my.file.txt

{file##*/}: 删掉最后一个 / 及其左边的字符串：my.file.txt

{file#*.}: 删掉第一个 . 及其左边的字符串：file.txt

{file##*.}: 删掉最后一个 . 及其左边的字符串：txt

{file%/*}: 删掉最后一个 / 及其右边的字符串：/dir1/dir2/dir3

{file%%/*}: 删掉第一个 / 及其右边的字符串：(空值)

{file%.*}: 删掉最后一个 . 及其右边的字符串：/dir1/dir2/dir3/my.file

{file%%.*}: 删掉第一个 . 及其右边的字符串：/dir1/dir2/dir3/my

由于是在自己电脑上跑数据，没用服务器，结果死机了，还是一个个数据单独比对吧，这里只演示一个：

nohup hisat2 -p 2 -x /mnt/e/bioinfo/mmreference/mm10/genome -U ../01clean/SRR6790711.fastq.clean -S SRR6790711.hisat.sam &

sam格式 转bam格式

ls *.sam | while read id;do (samtools sort -O bam -@ 2 -o $(basename ${id} ".sam").bam ${id});done

为bam文件构建index

ls *.bam |xargs -i samtools index {}

七、count

下载featureCounts

wget https://sourceforge.net/projects/subread/files/subread-2.0.2/subread-2.0.2-Linux-x86_64.tar.gz

下载gtf文件
genecode: https://www.gencodegenes.org/mouse/

4.png

全路径运行featureCounts

/mnt/d/bioinfo/biosoft/featureCounts/subread-2.0.2-Linux-x86_64/bin/featureCounts -T 5 -t exon -g gene_id -a /mnt/e/bioinfo/mmreference/gencode.vM30.annotation.gtf -o ../03count/all.id.txt *.bam 1>counts.id.log 2>&1 &

参考：

B站生信技能树：

https://www.bilibili.com/video/BV1dt411Y7nn?p=4&spm_id_from=333.1007.top_right_bar_window_history.content.click&vd_source=eeaea161c747e711136e1a14fba65648

单细胞单细sectionstronghttps

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