一、下载数据GSE111229：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE111229只下载7个SRR进行学习；数据下载的话可以参考前面写的一篇笔记：RNA-seq入门（一）数据下载和格式转换1.png二、安装conda参考前面的笔记：conda下载及安装安装软件：condainstall-ysra-toolsmultiqcfastphisat2三、SRA转fastq文件ls*|whilereadid;do(nohupfastq-dump--gzip--split-3-O./${id}&);done四、质控ls*gz|xargs
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往期回顾B站中只有视频课程，代码部分整理在往期推送之中：手把手教你做单细胞测序数据分析（一）——绪论手把手教你做单细胞测序数据分析（二）——各类输入文件读取手把手教你做单细胞测序数据分析（三）——单样本分析手把手教你做单细胞测序数据分析（四）——多样本整合手把手教你做单细胞测序数据分析（五）——细胞类型注释手把手教你做单细胞测序数据分析（六）——组间差异分析及可视化其他单细胞相关技术贴也在这里：细胞的数量由誰决定？答读者问（三）单细胞测序前景答读者问（四）：如何分析细胞亚群答读者问（六）、Seurat中如何让细胞听你指挥单细胞中应该如何做GSVA？如果这期视频看不懂，你可能需要看看这些：上一讲
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在用scanpy进行单细胞分析时往往要对聚类(leiden)后的簇进行细胞类型的标注并生成细胞图谱，但是在通常使用的更改注释的方法中new_cluster_names=[]adatas.rename_categories('leiden',new_cluster_names)new_cluster_names的字符不允许重复，而我无法确保每一个簇的细胞类型都不相同（一般都需要手动调整），于是我只能在相同的细胞类型后添加_num进行注释，如Bcell_1,Bcell_2，用此方法生成的细胞图谱如下所示image.png真的是相当难看，观察起来也很费劲。所以我一直在想怎么才能把相同的celltyp
使用方法参考大佬写的就行https://www.jianshu.com/p/dfe35a2a02d4作者总结了一些pathway的LRpair，我们可以直接拿来使用。LR_database加载进去是这样的image.png几个pathway的LR数量如下image.png可以使用这些分类信息进行文章crosstalkbubbleplot的展示，比如这篇文章image.pngTheligand-receptorpairsinCellChatretrievedfrompreviousstudiesweredividedintofourgroupsincluding,cytokine/chemoki
在用scanpy进行单细胞分析时往往要对聚类(leiden)后的簇进行细胞类型的标注并生成细胞图谱，但是在通常使用的更改注释的方法中new_cluster_names=[]adatas.rename_categories('leiden',new_cluster_names)new_cluster_names的字符不允许重复，而我无法确保每一个簇的细胞类型都不相同（一般都需要手动调整），于是我只能在相同的细胞类型后添加_num进行注释，如Bcell_1,Bcell_2，用此方法生成的细胞图谱如下所示image.png真的是相当难看，观察起来也很费劲。所以我一直在想怎么才能把相同的celltyp
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GEO数据库下载单细胞测序原始数据如果想要分析数据库中的数据，可以从文献中获得数据的GSE号，举个例子：image.png然后到NCBINationalCenterforBiotechnologyInformation(nih.gov)搜索GSE144024，就会得到如下信息：image.png其中，GSM号为样本编号，后面有详细信息。点击SRARUNSelector，就可以看到每个样本的SRR号。image.png选择想要下载的SRR，点击selected-accessionlist，就可得到一个编号的文本文件。但是呢想要下载，还得需要借助其他软件sratools。image.pngsrat
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