目录软件下载三维结构文件获取Autodock使用打开Autodock配体小分子准备蛋白质大分子的分割运行AutoGrid4进行分子对接运行AutoDock4对接结果查看及评估使用PLIP分析相互作用结语软件下载使用Autodock进行蛋白和小分子复合体的对接需要使用到如下工具，很巧的是，这几个工具都是使用python进行编写的：pymol：三维结构可视化https://pymol.org/2/选择教育版下载即可，若需要license激活，只需注册一个账号即可获得使用许可，不激活也可以正常使用openbabel：不同三维结构格式文件间转换https://openbabel.org/wiki/Ca

资料来源首选看这个，可以跟着手操一波小分子的下载和软件的使用（主要录制的比较好）【虚拟筛选】使用Autodock_vina进行批量分子对接_哔哩哔哩_bilibili但是接着就要看这个（上面那个不是很全），这个大佬最详细（蛋白的处理看这个）小分子虚拟筛选与分子模拟课程——4.批量小分子对接_哔哩哔哩_bilibili基础知识：比如为何需要pdbqt格式分子对接基础知识-xiaojikuaipao-博客园(cnblogs.com)安装的指导文件看下面这些vina的指导文档，必看（提供了好几种安装方式，一种不行换一种，其实操作非常详细了，很多都不一定需要手动调整，直接Linux里面用就行）Inst

这里写目录标题一、Autodockvina安装与配置下载vina安装包下载AutodockTools安装下vina提升版本（选看）二、分子对接流程受体预处理配体预处理设置对接盒子进行对接对接结果分析一、Autodockvina安装与配置首先，简单提下Autodockvina和Autodock4的区别，可以这么理解，Autodockvina是Autodock4的提升改进版本，vina拥有更好的计算方法和优化函数，分子对接速度和精确度会更高一些，如果是想要用分子对接进行一些实验验证，本文建议可以直接学习vina的软件操作，以下为vina的安装和环境配置流程。下载vina安装包官网下载安装包本文安装

Autodock安装教程步骤：Autodock安装教程前言一、python2.5的安装及其配置1.步骤二、Autodock的安装配置1.步骤2.工作路径修改三、其他前言本文只提供安装步骤及安装包包括Autodock、MGLTools、python2.5的安装配置本文所用到的软件及版本号，需要其他版本可按教程自行下载：阿里云盘资源文件链接：https://www.aliyundrive.com/s/cZjsAutvJLJ提取码:fx23一、python2.5的安装及其配置python官网：https://www.python.org/1.步骤download→Windows版本下拉找到pytho