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Autodock vina批量分子对接(虚拟筛选)

资料来源首选看这个,可以跟着手操一波小分子的下载和软件的使用(主要录制的比较好)【虚拟筛选】使用Autodock_vina进行批量分子对接_哔哩哔哩_bilibili但是接着就要看这个(上面那个不是很全),这个大佬最详细(蛋白的处理看这个)小分子虚拟筛选与分子模拟课程——4.批量小分子对接_哔哩哔哩_bilibili基础知识:比如为何需要pdbqt格式分子对接基础知识-xiaojikuaipao-博客园(cnblogs.com)安装的指导文件看下面这些vina的指导文档,必看(提供了好几种安装方式,一种不行换一种,其实操作非常详细了,很多都不一定需要手动调整,直接Linux里面用就行)Inst

Autodock vina 安装流程+分子对接试用流程(亲测有效)

这里写目录标题一、Autodockvina安装与配置下载vina安装包下载AutodockTools安装下vina提升版本(选看)二、分子对接流程受体预处理配体预处理设置对接盒子进行对接对接结果分析一、Autodockvina安装与配置首先,简单提下Autodockvina和Autodock4的区别,可以这么理解,Autodockvina是Autodock4的提升改进版本,vina拥有更好的计算方法和优化函数,分子对接速度和精确度会更高一些,如果是想要用分子对接进行一些实验验证,本文建议可以直接学习vina的软件操作,以下为vina的安装和环境配置流程。下载vina安装包官网下载安装包本文安装

利用 AWS pcluster + Vina 进行百万级分子库虚拟筛选

在上一篇博文中《使用AutodockVina进行分子对接》中我们介绍使用Vina进行单分子虚拟筛选的过程。现在,我们介绍利用AWS的pcluster工具进行大规模分子虚拟筛选。如果你需要自己使用AWS的资源配置一个超算集群,那么重头阅读到尾。如果你已经有了超算资源(slurm调度),例如:并行科技,超算中心,那么可以直接跳到第三部分。AWSpcluster+Vina进行百万级分子库虚拟筛选的整体架构如下:一、关于AWSpclusterAWSpcluster的全程是AmazonParallelCluster,是Amazon支持的开源集群管理工具,可在AmazonWebServices云中部署和管

利用 AWS pcluster + Vina 进行百万级分子库虚拟筛选

在上一篇博文中《使用AutodockVina进行分子对接》中我们介绍使用Vina进行单分子虚拟筛选的过程。现在,我们介绍利用AWS的pcluster工具进行大规模分子虚拟筛选。如果你需要自己使用AWS的资源配置一个超算集群,那么重头阅读到尾。如果你已经有了超算资源(slurm调度),例如:并行科技,超算中心,那么可以直接跳到第三部分。AWSpcluster+Vina进行百万级分子库虚拟筛选的整体架构如下:一、关于AWSpclusterAWSpcluster的全程是AmazonParallelCluster,是Amazon支持的开源集群管理工具,可在AmazonWebServices云中部署和管