一、conda昨天知道网管已经给我们安装了很多软件在服务器上，今天看了一下，发现我们只要export调用就行。从前我自己安装了miniconda，然后就一直报错。。是不是也可以用网管的版本。于是一番尝试，终于成功啦。#addedbyanacondaexportPATH="/data/software/anaconda2/bin:$PATH"输入conda就可以看到简介信息啦。再次感谢大牛网管，默默为自己之前非要自己安装的愚蠢行为哀悼。但是也不能说没有用处，至少知道了安装的过程嘛。二、FastQC软件（更新：安装运行day18日日记为准，遇到各种java错误，命令错误，比如~后面没有写/；比如=
⚠️不想充值付费的小伙伴可以点赞，会随机挑选幸运观众赠送全文。NGS分析手把手教学系列继WGS全基因组分析以后终于更新啦。这次是RNA-seq转录组分析。本文主要是指导操作流程，不会浪费篇幅在解释RNA-seq原理上。本章会使用人类基因组，比较组间的差异基因。其他物种的数据同样适用。所有代码都亲测可用(2022年9月），由于一些老旧版本的工具以及网络协议已经没法使用，所以也会有最新版本工具安装教学内容。除了需要修改路径和文件名，读者基本只需要复制黏贴就可以复现所有操作。这次主要介绍的管道工具是运用在很多生信服务器上的国际标准STAR，以及另外一款很常用并且配置不高的笔记本也能快速运行的kall
该工具用于处理三代转录组（CCS）结果具体请关注：https://github.com/Magdoll/cDNA_Cupcake/wikihttps://github.com/Magdoll/cDNA_Cupcake/wiki/Cupcake:-supporting-scripts-for-Iso-Seq-after-clustering-step如何获取高质量的转录本暂且跳过。。1.安装python3.7BioPythonbx-pythonCupcake##创建一个环境condacreate-ncupcakecondoactivatecupcake##安装所需工具condainstall-c
该工具用于处理三代转录组（CCS）结果具体请关注：https://github.com/Magdoll/cDNA_Cupcake/wikihttps://github.com/Magdoll/cDNA_Cupcake/wiki/Cupcake:-supporting-scripts-for-Iso-Seq-after-clustering-step如何获取高质量的转录本暂且跳过。。1.安装python3.7BioPythonbx-pythonCupcake##创建一个环境condacreate-ncupcakecondoactivatecupcake##安装所需工具condainstall-c
一、质控前面我们从GEO下好了SRA数据并转换为fastq文件，现在需要对fastq文件进行质控，这里用的软件为fastqc。首先建好文件夹用来存放数据mkdir01raw02clean03alin04countfastqc1.pngR1=/mnt/d/bioinfo/project/rna/01raw/SRR15859344_1.fastq.gzR2=/mnt/d/bioinfo/project/rna/01raw/SRR15859344_2.fastq.gzfastqc$R1$R2这步会产生一个html文件，这就是fastqc的结果，我们可以双击在网页中打开进行查看。（详见下面介绍的fas
一、质控前面我们从GEO下好了SRA数据并转换为fastq文件，现在需要对fastq文件进行质控，这里用的软件为fastqc。首先建好文件夹用来存放数据mkdir01raw02clean03alin04countfastqc1.pngR1=/mnt/d/bioinfo/project/rna/01raw/SRR15859344_1.fastq.gzR2=/mnt/d/bioinfo/project/rna/01raw/SRR15859344_2.fastq.gzfastqc$R1$R2这步会产生一个html文件，这就是fastqc的结果，我们可以双击在网页中打开进行查看。（详见下面介绍的fas
Errorggplot(Errorinseq.int(0,to0-from,by):'to'mustbefinite)为了用ggplot2绘制数据，我遇到了以下错误。可用的命令、数据和错误类型如下：123456789101112131415161718192021222324252627282930313233343536373839404142434445require(ggplot2)require(reshape2)dfdf[3]=c( "Normal", "Normal", "Normal", "Normal", "Normal", "Norma
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